Cobija es nombrado "puerto mayor" por Bolivar en 1825, de esta manera se concretan los esfuerzos desplegados por el explorador
Francisco Bourdet O'Connors. Nace como Santa María Magdalena de Cobija y, primeramente, es usado como refugio por los marineros que
viajaban entre Valparaíso y Arica. Durante la Colonia adquiere un renovado impulso al asumir el rol de control aduanero durante el
período de exportación de plata de Potosí, cuyo precioso mineral es transportado hasta esta desconocida caleta, por una ruta de 960
kilómetros que se transita en tres semanas.
En la década de 1830, Andrés de Santa Cruz, mandatario boliviano, pretende poblarlo y lo consigue cuando reemplaza a Arica.
Entre 1840-1845, el puerto es ocupado por un número importante de franceses , entre quienes destacan Domingo y Máximo Latrille,
Luciano Durandeau, Ramón y don Amán Lemaitre; L. Meunier; Juan y Pedro Garday; F. Lataste y el Conde de Gondourvil. Igualmente,
localizamos algunos súbditos castellanos como Bartolomé Fernández, Manuel Alvarez, J. M. Petisco y Faustino James. También, por esta
época, visita el lugar el ingeniero descendiente de italianos, Pedro Gamboni y el empresario chileno José Santos Ossa.
Asimismo, son los años en que reside el ciudadano argentino Manuel Solá, cuya descendencia permanece en la región.
Hacia 1854, aumenta el comercio y la población que se alza hasta los 5.000 habitantes. Sin embargo, un decenio después el
poblado-puerto no es capaz de resistir la competencia de Antofagasta. También, se acerca la década en que Cobija debe soportar los
peores años de su historia. El 13 de agosto de 1868, un fuerte movimiento telúrico que afecta toda la costa sur del Perú y parte del
litoral boliviano-chileno, causa graves daños. Para empeorar la situación, al año siguiente, una feroz epidemia de fiebre amarilla
provoca innumerables víctimas y el pánico que hace que la población huya. La ciuda practicamente queda despoblada y es muy difícil
que el puerto recobre su actividad.
Nuevamente, Cobija adquiere renovado impulso, iniciándose las actividades mercantiles que llevan a la fundación de un Banco –llamado
"Banco Nacional de Bolivia"–, en que participan un grupo de acaudalados comerciantes locales y magnate chileno "Agustin Edwards
Ross, quien fue nombrado presidente del Consejo General de Administración que se radicó en Valparaíso".
Sin embargo, casi un década después, nuevamente, Cobija recibe una nueva embestida de la naturaleza. En 1877 un fuerte sismo y el
consiguiente maremoto –que devasta parte de la costa entre Ica y Coquimbo–, provocan numerosas víctimas y la fuerza de las aguas
arrasan parte del poblado. La estocada final la recibe con la "guerra del salitre", la anexión de aquellos territorios por parte de
Chile y el desarrollo exitoso de los puertos de Antofagasta y Mejillones.